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今天以KALP15蛋白為例，主要介紹基于Gromacs進行膜蛋白體系的構建和模擬。1. 蛋白結構預處理。首先通過可視化軟件（VMD、pymol等）檢查結構文件中的分子成分，去除不需要的組分。然后通過pdb2gmx命令講原始結構文件進行轉換并選擇相應力場。2. 選擇合適的膜組分。

然后通過手動或者對接的方式將蛋白和小分子組合。這樣就可以初步得到蛋白-配體復合物的構象。如下圖： 之前的模擬介紹過如何生成蛋白質的力場。如果此時使用gmx pdb2gmx -f AA.pdb -o AA.gro命令來建立力場時，會發現gromacs無法識別小分子并產生相關的力場。

蛋白和小分子的準備 如下列途徑： 2.

三 培訓對象 需要使用Gromacs軟件進行科學研究的老師,學生以及其他研究人員. 四、培訓內容 針對gromacs軟件的常用模塊進行教學，包括蛋白與配體模擬分析，離子液體，小分子與細胞膜相互作用，同時介紹gromacs中的各分析模塊使用功能。具體內容如下： 1.

之前本公眾號介紹過GROMACS中膜蛋白體系的構建。按照官方的介紹，通過將磷脂構象盒力場準備好，然后在模擬盒子內進行磷脂的組裝，最后將蛋白嵌入在磷脂膜內。上述步驟雖然可以較為準確的構建模擬體系，但是并不方便調整，例如磷脂多樣性的選擇以及膜蛋白在膜內的位置和角度。本次向大家介紹一種方便的體系構建方法：利用CHARMM-GUI工具構建。

Step5：開始運行pymol腳本，在命令框依次輸入run modevectors.py #用于繪制豪豬圖modevectors first0, last0centerzoomshow cartoon， first0show cartoon， last0最后的結果，差異體現在箭頭處，箭頭的指向是從初始到結束位置其他的顏色，大小，清晰度都可以自己再去調整最后, 有gromacs

分子動力學簡介（GROMACS軟件）1.1分子動力學基本原理1.2 Linux 系統介紹1.3 分子動力學軟件介紹（Gromacs）2.

分子動力學簡介（gromacs軟件）1.1分子動力學基本原理1.2 linux 系統介紹1.3 分子動力學軟件介紹（gromacs）2. gromacs 進行分子動力學模擬2.1 配體分子的處理2.2 蛋白結構的處理2.3 修改蛋白坐標文件2.4修改拓撲文件2.5構建盒子并放入溶劑2.6平衡系統電荷2.7能量最小化2.8 nvt平衡2.9 npt平衡2.10 產出動力學模擬

對于結晶水可用grep –v HOH命令清除，然后通過gmx pdb2gmx命令選擇的蛋白N、C端電荷狀態，水溶劑模型以及時候忽略原有結構中的H原子，最重要的是通過軟件自帶的力場文件在該處產生適合體系的力場。

溶菌酶還可與帶負電荷的病毒蛋白直接結合，與DNA、RNA、脫輔基蛋白形成復合體，使病毒失活。這里我們從PDB數據庫下載溶菌酶蛋白質三維結構，編號為1AKI，或則利用PyMOL直接從命令行獲取三維結構，然后利用PyMOL檢查結構，是否缺失，并且刪除除開蛋白質外的雜原子和水分子，并保存為protein.pdb文件。

關鍵詞：GROMACS；油水；相分離; 分子動力學；packmol在化學、材料科學及生物醫藥等領域，油水相分離是一個重要的研究課題，廣泛應用于石油開采、環境污染治理、化妝品配方優化及生物膜研究等方向。由于油水界面的分子相互作用復雜，采用分子動力學（Molecular Dynamics, MD） 方法進行模擬研究成為一種高效且精確的手段。

結語 本案例展示了基于 GROMACS 的氯化鈉溶液氣?液界面 MD 模擬，為深入理解鹽溶液界面現象提供了可復制、可擴展的模擬范式。對于海水淡化膜研發、界面電化學或者大氣科學，均具有參考意義。

分子動力學簡介（gromacs軟件）1.1分子動力學基本原理1.2 linux 系統介紹1.3 分子動力學軟件介紹（gromacs）2. gromacs 進行分子動力學模擬2.1 配體分子的處理2.2 蛋白結構的處理2.3 修改蛋白坐標文件2.4修改拓撲文件2.5構建盒子并放入溶劑2.6平衡系統電荷2.7能量最小化2.8 nvt平衡2.9 npt平衡2.10 產出動力學模擬

生物醫學：為電場對細胞膜、微球和納米顆粒的影響研究提供了基礎數據，有助于發展新的生物醫學技術。結語通過GROMACS分子動力學模擬，本案例成功探究了電場作用下水球行為的演變過程。對于相關領域的研究人員和工程師來說，本案例提供了一個有力的工具，可以為解決實際問題提供理論依據和技術支持。

關鍵詞：Gromacs、MM-PBSA、結合能、受體、配體當前，Gromacs已經被廣泛應用在生物，材料等領域的模擬計算，其便捷、靈活等特點受到廣泛研究人員的青睞。在模擬領域，至關重要的一類問題是計算體系內的自由能。例如兩個蛋白之間、蛋白和納米材料之間、蛋白和配體之間的相互作用能的準確計算能夠幫助研究人員更深層次的理解相關科學問題。

細胞利用跨膜蛋白質“劃水”，跨膜蛋白質橫跨細胞膜并突出細胞外，膜的“踏車運動”——細胞表面的向后運動——推動白細胞在固體或液體環境中遷移，無論有無黏附。通過結合肌動蛋白驅動的外部“踏車運動”和通過囊泡運輸的肌動蛋白結合跨膜蛋白的內部循環，細胞可以實現持續的劃水。

關鍵詞：GROMACS；酒精-水混合物；互溶性；分子動力學；氫鍵分析背景介紹酒精與水的互溶行為在化學、材料、生物醫藥等多個領域中具有重要意義。例如，藥物溶液設計、溶劑工程、生物膜相互作用等都依賴于對醇-水體系微觀結構的深入理解。傳統實驗雖然能觀察到宏觀性質變化，但在分子尺度上的機理揭示仍需借助分子動力學模擬。

傳感器的獨特設計基于對硅膜的偏析測量，這一點與傳統的壓力測量技術截然不同。壓力的改變會引起Fabry-Perot干涉腔長度的變化，而此時，即使溫度、EMI、濕度和震蕩的環境異常惡劣，我們的光纖信號調理器都可以持續高精度地測量干涉腔的長度。 此款壓力傳感器為業內現有應用提供了更好更可靠的壓力測量，同時，該傳感器也具備針對工作溫度高的新應用的擴展能力。

報名專題三贈送往期《GROMACS分子動力學蛋白模擬、藥物開發溶劑篩選》專題課程回放 5. 線上課程：課后提供本次報名參加所學線上專題的無限次回放視頻； 6.

而且對于熱敏性藥物，如胰島素、血清蛋白等不能采用熱壓法滅菌。對于這類情況，微孔膜有突出的優點，經過微孔膜過濾后，細菌被截留，無細菌尸體殘留在藥物中。常溫操作也不會引起藥物的受熱破壞和變性。